محمدجواد مشکور، فرزند حاج شیخ علاءالدین، تحصیلات ابتدایى را در مدرسه‌ى دارالفنون گذراند. سپس وارد دانشسراى عالى و دانشکده‌ى معقول و منقول شد و در سال ۱۳۱۸ موفق به اخذ درجه‌ى کارشناسى در ادبیات فارسى و ادبیات عرب شد. مدتى به تدریس در دبیرستان‌ها پرداخت و چند سالى به خدمت در وزارت دارایى مشغول شد.
مشکور چندى نیز نزد دایى‌هاى خود شریعت سنگلجى و محمدمهدى سنگلجى به تحصیل علم پرداخت. همچنین از محضر استادانى چون علامه سید محمدحسین طباطبایى، علامه محمد بن عبدالوهاب قزوینى، مهدى آشتیانى، بدیع‌الزمان فروزانفر، احمد بهمنیار، ملک‌الشعراى بهار و عباس اقبال بهره برد. همچنین به تحصیل و تحقیق در زبان‌هاى باستانى باستانى پرداخت. وى از سال ۱۳۲۷ تا سال ۱۳۳۸ به تدریس تاریخ ایران قدیم و زبان پهلوى در دانشگاه تبریز مشغول بود.
در ۱۳۳۲ ش براى گذراندن دوره‌ى دکترا به دانشگاه سوربن پاریس رفت و درباره‌ى تاریخ و فرهنگ خاورمیانه از قرن نهم پیش از میلاد تا قرن نهم میلادى به تحقیق پرداخت و در ۱۳۳۶ ش موفق به اخذ مدرک دکترا در تاریخ اسلام و خاورمیانه شد. وى از ۱۳۴۰ تا ۱۳۴۴ ش مدیریت مجله‌ى «الاخاء» را به عهده داشت. در این بین او در کنگره‌هاى بین‌المللى در انگلستان و فرانسه و آلمان و روسیه و ترکیه شرکت نمود و در ۱۳۵۲ ش با سمت رایزن فرهنگى به دمشق رفت.
در سال ۱۳۴۴ به خدمت تمام وقت دانشسراى عالى درآمد و در کنار آن در دانشکده‌ى ادبیات و علوم انسانى و دانشکده‌ى الهیات و معارف اسلامى دانشگاه تهران نیز به تدریس مشغول بود. در سال ۱۳۵۳ به عنوان رایزن فرهنگى ایران عازم سوریه شد و در ضمن به تدریس تاریخ فرق اسلامى به خصوص فرقه‌هاى شیعه و تاریخ زبان‌هاى سامى در دانشگاه دمشق پرداخت.
وى ضمن تدریس تاریخ فرق اسلامى به ویژه شیعه در دوره‌ى فوق لیسانس در دمشق، موفق به تأسیس دو کرسى زبان و ادبیات فارسى در دو دانشگاه دمشق و حلب شد و کتابخانه‌اى مربوط به کتب ایران و اسلام در مرکز رایزنى و کتابخانه‌اى مربوط به ایران‌شناسى در کتابخانه‌ى مرکزى دانشگاه دمشق دایر کرد. یکى از مهم‌ترین موفقیتهایش در آنجا مشخص کردن قبر ابونصر فارابى در باب الصغیر و شیخ اشراق شهاب‌الدین ابوالفتوح سهروردى در باب البرید بود.
دکتر مشکور در مهر سال ۱۳۵۸ پس از قریب چهل سال خدمت دانشگاهى بازنشسته شد ولى همچنان به کار تدریس و تحقیق مشغول بود. مشکور یکى از همکاران علامه على‌اکبر دهخدا در کار «لغت نامه» بود.
برخى از آثار ایشان به این شرح هستند:
کلمات حضرت محمد صلی الله علیه و آله (متن عربى و ترجمه، ۱۳۱۸)؛ تاریخ اوستا و ادبیات دینى پهلوى (۱۳۲۵)؛ تاریخ ایران باستان به روایت ابن عبرى (یوسف بنیان، ترجهه، ۱۳۲۶)؛ تاریخ مذاهب اسلام یا ترجمه الفرق بین الفرق (ابومنصور عبدالقاهر بغدادى، ترجمه)؛ النکت الاعتقادیة (شیخ مفید محمد بن محمد النعمان، ترجمه، تبریز، ۱۳۳۳)؛ تاریخ مردم اورارتو (کشف یک سنگ، تهران، ۱۲۳۳)؛ تاریخ اورارتو سنگ نبشته‌هاى اورارتى در آذربایجان (۱۳۴۵)؛ تاریخ اجتماعى ایران در عهد باستان (۱۳۴۷)؛ تاریخ تبریز تا پایان قرن نهم هجرى (۱۳۵۲)؛ نظرى به تاریخ آذربایجان و آثار باستانى و جمعیت‌شناسى آن (۱۳۴۹)؛ ترجمه تاریخ طبرى قسمت مربوط به ایران (ابوعلى محمد بن محمد بلعمى، ۱۳۳۷)؛ دستورنامه در صرف و نحو زبان فارسى (۱۳۳۸)؛ فرق الشیعه یا مقالات الامامیة والفرق و اسماؤها و صنوفها (۱۳۲۵)؛ کارنامه اردشیر بابکان (۱۳۲۹)؛ مجوس در کتب مقدس سامى (۱۳۲۵)؛ هفتاد و سه ملت یا اعتقادات مذهب (۱۳۳۷)؛ گفتارى درباره دینکرد (۱۳۲۵)؛ ایران در عهد باستان (۱۳۴۳)؛ تصحیح منطق الطیر عطار، اخبار سلاجقه روم (۱۳۵۰)؛ سیر اندیشه‌هاى دینى در ایران (۱۳۵۵)؛ تاریخ شیعه و فرقه‌هاى اسلام تا قرن چهارم هجرى (۱۳۵۷)؛ فرهنگ تطبیقى عربى با زبان‌هاى سامى و ایرانى (۱۳۵۷)؛ جغرافیاى تاریخى ایران قدیم (۱۳۷۱)؛ دکتر جواد مشکور چهل و شش عنوان کتاب دارد و بیش از صد مقاله در زمینه ادبیات، تاریخ، ادیان و مذاهب، زبان‌شناسى به زبان‌هاى فارسى و عربى و فرانسوى نوشته است.
برخى از مقاله‌هاى او در «معمارى ایران»، «هنر و مردم»، «وحید»، «تاریخ و فرهنگ ایران»، «زمین و زمان»، «سخن»، «بررسى‌هاى تاریخى»، «معارف اسلامى»، «دانش» و «باستان‌شناسى و هنر ایران». وى همچنین در کتاب مجموعه خطابه‌هاى تحقیقى که در سال ۱۳۵۰ منتشر شد، داراى مقاله بود.
پیکر محمدجواد مشکور در بهشت زهرای تهران در قطعه‌ى ۸۸ (ویژه‌ى هنرمندان و نویسندگان) به خاک سپرده شد.
