آل مظفر یا مظفریان سلسله‌ای از پادشاهان ایرانی که در قرن هشتم هجری و یعنی در فاصله میان حملۀ مغول تا یورش تیمور، بیشتر بر جنوب ایران؛ و بر کرمان، فارس، اصفهان و خوزستان فرمانروا بودند و مرکز حکومت آنان شیراز بود و گاه بر تمام ایران بزرگ به جز خراسان حکومت کردند.
سرسلسله این دودمان امیر مبارز الدین محمد بن شرف الدین مظفر - (؟ -۷۶۵)یا امیر مبارزالدّین محمد بود. اجداد او از اهالی سلامه از توابع شهرستان خواف بودند. پدر او که شرف الدین مظفر بن منصور میبدی نام داشت، نزد پادشاهان مغول به مراتب بالایی رسید. پس از مرگ پدر، امیر مبارزالدین محمد مورد توجه سلطان ابوسعید قرار گرفت و منصب پدر را به انضمام فرمانروایی یزد به دست آورد.
پس از ابوسعید که مغولها ضعیف شدند، امیر مبارزالدین به فکر استقلال و جهانگشایی افتاد. او در سال ۷۴۱ کرمان و در ۷۵۴ شیراز را به متصرفات خود افزود و ابواسحاق اینجو فرمانروای شیراز را کشت. حافظ در یکی از غزلهای مشهورش به سوگ ابو اسحاق می‌پردازد.
مبارزالدین به دلیل تندروی‌هایی که می‌کرد سرانجام به دست پسرانش شاه شجاع مظفری و شاه محمود و خواهرزاده و دامادش شاه سلطان اسیر و کور گردید و در سال ۷۶۵ از دنیا رفت. پس از او فرزندش شاه شجاع که بر خلاف پدرش تعصب مذهبی زیادی نداشت، به پادشاهی رسید.
پس از چند قرن تهاجم و اشغال ترکان و مغولان در ایران، سلطنت آل مظفر با ظهور امیر مبارزالدین محمد و استمرار به دست شاه شجاع مظفری، حکومتی ایرانی بود که با وفات شاه شجاع در سال ۷۸۶هجری قمری، اسیر جنگهای جانشینی شد و سپس با یورش تیمور، از میان رفت. مجاهدالدین سلطان زین‌العابدین که وارث شاه شجاع بود و نمی‌خواست گماشتهٔ تیمور باشد، با آغاز تهاجم تیمور به ایران، شیراز را رها کرد و عازم غرب شد. شاه منصور او را در شوشتر از سلطنت عزل کرد و سپاه را به شیراز بازگرداند تا با تیمور مقابله کند، اما تیمور به ماوراءالنهر بازگشته بود. شاه منصور از سال ۷۹۰ تا ۷۹۵ هجری برای یکدست کردن قدرت آل مظفر و جلب همکاری سلاطین ایلکانی، عثمانی و دیگر قدرت‌ها علیه تیمور تلاش کرد و سرانجام در نبردی با تیمور، جان باخت. تیمور پس از این نبرد، شاهزادگان آل مظفر را گردآورد و فرمان داد تا در قمشه آنان را کشتند و حتی اطفالی را که از آل مظفر در شهرها بودند نیز فرستادگان تیمور کشتند. در بیان علت قتل‌عام شاهزادگان آل مظفر، برخی از مورخان نوشته‌اند که چون این شاهزادگان در نبردهای جانشینی، هر شهر و روستایی را عرصهٔ نبردهای خویش ساخته بودند و رعایا از آنان آسیب بسیار می‌دیدند، پس تیمور برای رعایت رعایا، آل مظفر را قتل‌عام کرد.[۵] اما از سوی دیگر برخی را عقیده بر آن است که رعایا از خود تیمور آسیب‌های بیشتر دیده‌بودند و به همین سبب بود که تا سالها پس از آن نیز به یادگاران سلاطین مظفری مهر بسیار داشتند و سبب حقیقی قتل‌عام این خاندان، تهور و بی‌باکی سلاطین مظفری بود و تیمور که خود دشواری مبارزه با شاه منصور را در نبردها چشیده بود، از تکرار چنین جنگی با آل مظفر می‌هراسید. دیدار تیمور با شاهزادگان مظفری نیز این هراس را تشدید کرد. نقل است که در ضیافتی، شاهزادگان مظفری را سه سه و چهار چهار بر یک قالی نشاندند و سفره انداختند. تیمور که به آنان می‌نگریست، ناگهان پرسید که آیا شما هیچ‌گاه این گونه بر یک قالی نشسته‌اید؟ سلطان ابواسحاق پسر سلطان اویس مظفری و نوه شاه شجاع، پاسخ داد: «اگر ما یک بار بر یک قالی کنار هم می‌نشستیم، ترا کی در ایران، مدخل بود؟!» این سخن، بیم تیمور را بیشتر کرد و در همان مجلس هم حرکات سر و دست شاهزادگان را، اشاراتی برای هماهنگی قتلش تعبیر کرد، پس به سرعت از آن مجلس برخاست و تدبیر قتل‌عام شاهزادگان آل مظفر کرد.
